O MARE, através da Universidade de Évora, irá valer-se de uma parceria que a Universidade realizou com a Associação Oceano Atlântico. Esta parceria pressupõe a elaboração de projetos de investigação nas várias vertentes das Ciências do Mar e monitorização ambiental, prevendo-se a implementação de uma cátedra - "Associação Oceano Atlântico".
A Universidade de Évora, na qual o MARE tem um dos seus polos, realizou igualmente parcerias noutras áreas ligadas ao ambiente, às energias renováveis e à investigação no campo da água e da energia.