O MARE inclui sete Linhas Temáticas de Investigação que permitem identificar eixos prioritários de investigação..
Através do intercâmbio de ideias, conhecimentos, metodologias e aplicações, o MARE aumenta o potencial de apresentação de ações específicas, reforça a comunicação entre os seus membros e a capacidade de captação de meios para desenvolver uma investigação consistente, e promove parcerias internas e externas que aumentam o sucesso da sua investigação.
A linha temática Governança e Literacia lida com a componente social nos processos/projetos – tendo como objetivo avaliar e interpretar as tendências relevantes ao nível local/regional/nacional. Debate teorias, modelos e respetiva eficácia, contribuindo para a inovação em instrumentos e politicas, em 4 áreas de investigação: políticas, instrumentos e estruturas institucionais; dinâmicas sociais e estudos de governância; comunicação de ciência e construção de conhecimento; e dinâmicas socio-ecológicas. Sendo transdisciplinar apoia-se numa investigação de ação-investigação de abordagem quantitativa e qualitativa, apostando em processos decisórios e de governância multinível. Envolve inúmeras áreas disciplinares para testar teorias no terreno e extrair lições para a teorização através da experimentação em Living Labs, promotores de Governância e Literacia.
Os objetivos desta linha são os seguintes: estimular a investigação em Governância e Literacia encorajando metodologias inovadoras; assegurar a capacitação da sociedade civil em Governância e Literacia, nomeadamente das comunidades, instituições e empresas; impulsionar a construção de Redes de Governância e Literacia contribuindo para a construção do capital coletivo - social, intelectual e político – e para a inovação científica e tecnológica; criar modelos alternativos de Governância e Literacia privilegiando comunidades costeiras, enfatizando o carater diferenciador gerador de transformação social; e promover a Governância interna do MARE contribuindo para reforçar o carater multidisciplinar do Centro.